ประวัติความเป็นมากองคลัง เมื่อ สถาบันฯ ได้รับการยกฐานะขึ้นเป็นสถาบันอิสระเมื่อปี 2529 นั้น สถาบันฯได้เสนอขอจัดแบ่งส่วนราชการในสำนักงานอธิการบดี ออกเป็น 7 กอง 1 หน่วยงาน ประกอบด้วยกองกลาง กองการเจ้าหน้าที่ กองคลัง กองแผนงาน กองอาคารสถานที่ กองบริการการศึกษา กองกิจการนักศึกษา และหน่วยงานตรวจสอบภายใน แต่ทบวงฯ โดย ก.ม.ได้มีมติอนุมัติให้จัดแบ่งออกเป็น 4 กอง คือ กองกลาง กองแผนงาน กองบริการการศึกษา และกองกิจการนักศึกษา โดยให้งานที่ขอจัดตั้งเป็นกองการเจ้าหน้าที่ กองคลัง และกองอาคารสถานที่ มีฐานะเป็นหน่วยงานระดับ "งาน" ในกองกลาง อันได้แก่ งานการเจ้าหน้าที่ งานคลัง งานพัสดุ และงานอาคารสถานที่ และยานพาหนะ แต่เพื่อให้การบริหารและการดำเนินงานของสำนักงานอธิการบดีเป็นไปด้วยความ เหมาะสมและมีประสิทธิภาพ สถาบันฯ จึงได้กำหนดให้จัดตั้งโคร กองคลัง สำนักงานอธิการบดี มีหน้าที่และรับผิดชอบในการเป็นหน่วยงานกลาง ในการปฏิบัติภารกิจด้านงานคลัง งานพัสดุงานบริการอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องและเจ้าหน้าที่ประสานงานกับหน่วยงานภายนอก เช่น สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา สำนักงบประมาณ กรมบัญชีกลาง สำนักงานตรวจเงินแผ่นดินโดยตรงในการขออนุมัติเงินประจำงวด การวางฎีกาเบิกจ่ายเงิน การรายงานใช้จ่ายเงินงบประมาณและการบัญชีเงินนอกงบประมาณ การตรวจสอบการเบิกจ่ายเงินให้ถูกต้องตามระเบียบของทางราชการ ทั้งนี้เพื่อให้การดำเนินงานเป็นไปตามแผนฯ กองคลังจึงได้แบ่งงานออกเป็น 6 งาน คือ

1. งานบัญชี
2. งานการเงิน
3. งานงบประมาณ
4. งานเงินรายได้
5. งานพัสดุ
6. งานธุรการ
หมายเหตุ ปัจจุบันงานพัสดุได้แยกออกจากกองคลังไปเป็นกองพัสดุ
ภารกิจ

1. งานบัญชี
- กำหนดผังบัญชี และ รหัสบัญชีให้สอดคล้องกับรายงานการเงินในระบบบัญชี 3 มิติ
- บันทึกรายการรับ – จ่ายเงินในงบประมาณและรายได้สถาบันฯ ในระบบบัญชี 3 มิติ
- บันทึกค่าเสื่อมราคาทรัพย์สิน ลงในระบบบัญชี 3 มิติ และระบบ GFMIS
- ตรวจสอบยอดรายงานสถานะ การใช้จ่ายเงินงบประมาณจากระบบ GFMIS
- จัดทำทะเบียนคุมลูกหนี้ร้านค้าภายในสถาบันฯ ทั้งหมด
- บันทึกรายการปรับปรุงบัญชีต่าง ๆ ในระบบบัญชี 3 มิติ และระบบ GFMIS
- จัด ทำรายงานการเงิน เงินงบประมาณจากระบบ GFMIS และรายงานการเงินภาพรวมเงินรายได้สถาบันฯ และเงินงบประมาณจากระบบบัญชี 3 มิติ โดยแยกตามประเภทกองทุน หน่วยงาน และแผนงานฯ
- จัดทำหมายเหตุประกอบงบการเงินจากระบบบัญชี 3 มิติ และระบบ GFMIS

2. งานการเงิน
- จ่ายเงินเดือนข้าราชการ / ลูกจ้างประจำ / พนักงาน / ลูกจ้างชั่วคราว ของสถาบันฯ ตลอดจนจ่ายเงินบำเหน็จและเงินบำนาญ
- จ่ายค่ารักษา – ค่าเล่าเรียนบุตร
- รับเงินรายได้และเงินงบประมาณทุกประเภท
- จ่ายเงินรายได้ทุกหมวดรายจ่าย
- จ่ายเงินงบประมาณทุกหมวดรายจ่าย
- หักและนำส่งภาษี ณ ที่จ่ายเงินเดือนข้าราชการ ลูกจ้างประจำ ลูกจ้างชั่วคราว พนักงานและเงินประจำตำแหน่ง ส่งให้กรมสรรพากร
- นำเงินฝากประเภทต่าง ๆ เข้าธนาคาร
- หักเงินประกันสังคมและนำส่งสำนักงานประกันสังคม
- นำส่งเงินรายได้แผ่นดิน, เบิกเกินส่งคืน
- บันทึกการนำส่งเงินรายได้แผ่นดิน, เบิกเกินส่งคืนในระบบ GFMIS
- บันทึกการจ่ายเงินงบประมาณในระบบ GFMIS

3. งานงบประมาณ
- แจ้งเงินประจำงวดทุกหมวดรายจ่ายให้หน่วยงานภายในสถาบันฯ ทราบ
- ตรวจสอบเอกสารตั้งเบิกเงินงบประมาณทุกหมวดรายจ่ายของสถาบัน
- วางฎีกาเบิกเงินทุกหมวดรายจ่ายจากกรมบัญชีกลางโดยผ่านระบบ GFMIS ควบคุมเงินงบประมาณยอดเงินที่ขอเบิกและเงินคงคลัง
- บันทึกทะเบียนคุมรายจ่ายในระบบบัญชี 3 มิติ
- ดำเนินการ / สรุปยอดเงิน กบข./กสจ. ทั้งสถาบันฯ
- ออกใบรับรองภาษี ณ ที่จ่ายของข้าราชการ พนักงาน ลูกจ้างทั้งสถาบันฯ
- จัดทำงบเดือนส่งสำนักงานตรวจเงินแผ่นดิน

4. งานเงินรายได้
- ตรวจสอบเอกสารตั้งเบิกเงินรายได้ทุกประเภทของทุกคณะ / สำนัก
- คุมทะเบียนการจ่ายเงินรายได้ ทุกคณะ / สำนัก
- บันทึกทะเบียนคุมรายจ่ายในระบบบัญชี 3 มิติ
- ตรวจเอกสารสัญญายืมเงินทุกคณะ / สำนัก
- จัดทำทะเบียนคุมลูกหนี้เงินยืม
- จัดทำใบรับรองการหักภาษี ณ ที่จ่าย
- นำส่งภาษีเงินได้ หัก ณ ที่จ่ายของบริษัท
- จัดทำงบเดือนเงินรายได้

5. งานธุรการ
- ลงทะเบียนรับ – ส่งเอกสาร เงินงบประมาณ เงินรายได้ อื่น ๆ
- รวบรวมเอกสารที่เกี่ยวข้องไว้เป็นหมวดหมู่
- ส่งเอกสารงานงบประมาณ งานการเงิน งานบัญชี เข้าระบบ GFMIS
- บันทึกระบบเวียนแจ้งในระบบสารสนเทศงานสารบรรณ (Lotus Note)
- พิมพ์เอกสารต่าง ๆ